诱发黑鳃病的原因较为复杂，有多种原因和诱发途径，不同原因引起的黑鳃病其危害程度也不相同，因此其治疗方法也不同。以下就以几种常见的虾黑鳃病做以对症治疗：

细菌性黑鳃病的治疗

治疗以水体消毒为主，可用二氧化氯1ppm～1.5ppm或季胺盐0.5ppm～1.0ppm或漂粉0.5ppm～1.0ppm全池泼洒，发病严重的虾池可在三天后再施用一次，并辅以抗菌素拌饵投喂一周，用量为土考霉素5克/千克料或氯霉素3克/千克料。

功能性黑鳃病的治疗

在发现斑节对虾体质较弱时，应及时改善养殖环境并加强营养，如适当投喂活饵料。治疗上因本病黑鳃只是表象，一般没有针对黑鳃现象进行特别治疗，而是把它作为判断池虾体质情况的一项指标。应特别提出的是发现该病后一般表明池虾体质较弱，养殖上应以加强营养增加体质为主。而不要采取治疗黑鳃病的一些过激措施如大量换水及用药，以免诱发其他病害。

环境性黑鳃病的治疗

一旦发病，有效的缓解方法是连续大量换水3天～5天，日换水量为全池的1/5～1/3，可同时使用消毒剂如二氧化氯1ppm或漂白精0.5ppm防止细菌侵袭，一般可治愈，但如在秋冬季节发病，一旦治愈或病情缓解后应马上收虾。因此时黑鳃病危害虽已过去，但整体体质已降低，并受到严重刺激，很容易诱发白斑病，最后引起大量死亡。

混合性黑鳃病的治疗

该病实际上为聚缩虫与细菌交叉感染引起，因此预防聚缩虫的感染即可有效预防该病发生，治疗上可用治疗聚缩虫的方法如大量换水、使用荼粕刺激脱壳、施用福尔马林杀灭聚缩虫等措施，等聚缩虫感染较轻后再采取与细菌性黑鳃相同的治疗方法即可控制。